一种被普遍接受的观点认为发病的根本原因是缺钙。土壤盐基含量低、酸化，尤其是沙性较大的土壤供钙不足。在盐渍化土壤上，虽然土壤含钙量较多，但因可溶性盐类浓度高，根系对钙的吸收受阻，也会缺钙。施用铵态氮肥或钾肥过多时也会阻碍植株对钙的吸收。在土壤干旱、空气干燥、连续高温时易出现大量的脐腐果。另一种观点认为发病的主要原因是水分供应失调。干旱条件下供水不足，或忽旱忽湿，使辣椒根系吸水受阻，由于蒸腾量大，果实中原有的水分被叶片夺走，导致果实大量失水，果肉坏死，从而发病。
