病菌以菌丝体、菌核和厚垣孢子在土壤、病残体和种子上越冬，成为来年的初侵染源。它们在土壤中可存活5-6年或更长的时间。病菌通过种子、土壤、肥料、灌溉水、昆虫、农具等途径传播，经由根部伤口和根毛顶部黄瓜枯萎病细胞间隙侵入，在维管束内繁殖，并向上扩展，堵塞导管，产生毒素使细胞致死，导致植株萎蔫枯死。
