畸形果是温度不合适、蘸花操作不当、养分失衡等原因引起的。
一是苗期氮肥施用过多，地上部生长过旺，冠根比失调；二是花芽分化时，遇到连续低温（6℃至8℃），番茄呼吸作用消耗的养分相对减少，花器中积累的养分增多，心皮数形成较多，易形成多心室畸形果；三是植株老化，当温度低、光照差时，花器与果实不能正常发育，易形成尖顶果；四是棚内温度高，湿度大，光照不足，花粉败育，受精不良，果实中果胶含量少，易形成空洞果；五是营养物质中供钙量不足，易形成开裂果与脐腐果；六是使用激素处理时浓度不当，或植株生长较弱时，也会产生空洞果或酸浆果等。七是摘除老叶过多，易形成日灼果和着色不良果等。八是激素使用不当。
因为大棚内温度高，湿度大，光照不足，花粉败育，受精不良，果实中果胶含量少，易形成畸形果。