主要危害叶片、新梢和果实。叶片染病初期出现黄色油渍状小斑点，逐渐扩大成蜡黄色病斑，后期病斑木质化凸起，叶背突出，叶面凹陷，形成漏斗状，严重时叶片扭曲、畸形。新梢染病症状与叶片相似，幼嫩枝梢染病后变短小，呈现扭曲状，但病斑不明显。幼果染病初期产生茶褐色小斑，随后在果皮上形成黄褐色圆锥形、木质化的瘤状突起，导致果实小、皮厚、味酸、发育畸形。
柑桔疮痂病是柑桔重要真菌型病害之一，在中国的柑桔种植区广泛发生。此病主要为害新梢和幼果，也可为害花萼和花瓣，严重时会导致果实畸形，进而造成减产。致病真菌为柑橘痂圆孢菌（有性态），属于半知菌亚门痂囊菌属。