西瓜蔓枯病由分生孢子器及子囊壳随病部进入土壤或附着于种子表面越冬。次年,在适宜温湿度条件下,孢子通过风、雨及浇水传播,从伤口或直接侵入西瓜植株,导致发病。菌丝体、分生孢子器和子囊座随病残体在地表、土壤及架材上越冬,再次引发病害。