板蓝根黑斑病是一种真菌性病害，病原菌为链格孢菌，病菌以分生孢子在病残体上越冬。第二年春天条件适宜时，分生孢子萌发侵入引起初侵染；发病后病部产生的分生孢子又可进行多次再侵染。一般5月中旬开始发病，一直延续到10月，其中6、7、9三个月发病较重。高温多雨年份易流行成灾。淮北地区6—7月发病重。
