大豆立枯病主要为害幼苗的茎基部或地下根部，发病初为病斑多为椭圆形或不规则形状，呈暗褐色。发病幼苗在早期呈现白天萎蔫、夜间恢复的状态，病部逐渐凹陷、溢缩，甚至变为黑褐色。当病斑扩大绕茎一周时，整个植株会干枯死亡，但仍不倒伏。发病较轻的植株仅出现褐色凹陷病斑而不枯死。苗床湿度大时，病部可见不甚明显的淡褐色蛛丝状霉。从立枯病不产生絮状白霉、不倒伏且病程进展慢，可区别于猝倒病。幼苗发病时，主根和靠地面的茎基部形成红褐色略显凹陷的病斑，局部隘缩，皮层开裂呈溃疡状。严重时包围全茎，使基部变褐、缢缩，幼苗折倒死亡。轻病株仍能缓慢生长，但植株矮小，地上部矮黄。