茄子黄萎病发生后，需要及时清扫生长环境，发现病株后及时拔除并集中烧毁，同时往土壤上撒生石灰消毒。在发病初期，可使用琥乙磷铝可湿性粉剂、混杀硫悬浮剂、托布津500倍液、多菌灵可湿性粉剂等药剂进行灌根，每株灌药约250-500毫升，连续2-3次。
防治方法包括：重视种子检疫，选用无病茄子种子，实行种子处理和防止带菌土壤传播，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种7小时；轮作倒茬，选择沙质土，不与茄科蔬菜或棉花连作，茄子与葱蒜类轮作最好，轮作年限3～4年，与粮食作物尤其是水稻轮作效果理想；培育壮苗，提高茄子定植质量；定植后选晴天高温时浇水，合理灌溉，增施腐熟有机肥，及早锄地，保持土壤水分，增高地温，减轻黄萎病危害。