辣椒脐腐病是由缺钙引起的生理性病害。在开花结果期间，叶面喷施螯合钙、氨基酸钙或糖醇钙加氨基酸叶面肥加芸苔素，能显著减轻脐腐病的发生和危害。进入结果期后，每7天喷1次0.1%~0.3%的氯化钙或硝酸钙水溶液，每星期2~3次，或连续喷施绿芬威3号等钙肥，效果良好。
科学施肥方面，在沙性较强的土壤上每茬都应多施腐熟鸡粪，若土壤酸化，应施用适量石灰，避免一次性大量施用铵态氮化肥和钾肥。均衡供水也很重要，土壤湿度不宜剧烈变化，多雨年份应适当多浇水，雨后及时排水，防止积水。
改良土壤时，选择保水力强的沙壤土，若土壤碱性过重，多施腐熟的有机肥，以改良土壤性能，增强其保水能力。此外，加强栽培管理也是防治脐腐病的重要措施。