发病的稻谷粒重量会降低，总产量下降，秕谷、碎米比例有所增加，出米率、品质会降低。稻曲病的病菌在感染谷粒后，首先在颖壳合缝处露出淡黄色的菌块物质，然后膨大如球状，墨绿色的物质包裹在全颖壳外面，最后会龟裂，散发出墨绿色的粉末。受害谷粒内形成菌丝块渐膨大，内外颖裂开，露出淡黄色块状物，即孢子座，后包于内外颖两侧，呈黑绿色，初外包一层薄膜，后破裂，散生墨绿色粉末，即病菌的厚垣孢子，有的两侧生黑色扁平菌核，风吹雨打易脱落。
