1.农业防治及时清除病株残体，将零星发病植株带离农田，集中销毁，发病株数较多的麦田，不建议秸秆还田，应堆沤还田，以减少土壤中的病菌数量。2.化学防治1。拌种或包衣，种子用多菌灵或戊唑醇拌种。2。发病严重的地块整地时可用50%多菌灵可湿性粉剂处理土壤，消灭土壤中的病菌。3。及时喷药防治：在返青—拔节期，结合防治纹枯病、蚜虫、红蜘蛛等病虫害进行喷药。
预防小麦茎基腐病，可以使用杀菌种衣剂拌种。
