防治纹枯病的措施以农艺防治和药剂防治为主，如加强肥水管理，控制病情发展，结合预测预报及时搞好药剂防治等。主要防治方法有：移栽前打捞菌核，减少菌源；加强栽培管理，施足基肥，早施追肥；灌水做到浅水分蘖，够苗露田促根（肥田重晒，瘦田轻晒），湿润长穗，适期断水，防止早衰等；化学防治可用23%满穗悬浮剂、5%保穗乳油、5%井冈霉素、50%多菌灵可湿性粉剂、20%担菌灵乳剂、25%禾穗宁可湿性粉剂、77%护丰安可湿性粉剂或稻丰灵等。水稻纹枯病发病初期，每亩使用10%己唑醇40毫升、营养叶面肥粒粒宝30毫升，兑水20-30公斤喷施，防治效果明显；发病中后期，每亩使用10%己唑醇55毫升、营养叶面肥粒粒宝30毫升，兑水30-40公斤，于早晨露水未干时喷施水稻下部，可有效预防和控制水稻纹枯病的发生。