玉米丝黑穗病的防治方法主要包括轮作和种子包衣。该病以土壤传播，苗期发病，可通过选用抗病品种、药剂拌种、及时拔除病株及喷施萎锈灵或福美双可湿性粉剂等措施进行防治。
1.选择抗病品种种植，减轻危害。播种前可用15%或25%粉锈宁可湿性粉剂和20%乳油拌种，以25%为例，100千克玉米种子用药量320-400克。
2.玉米丝黑穗病主要通过土壤和粪肥传播，土壤中病菌厚垣孢子积累越多，发病越重。合理轮作、秋季深翻土壤、基肥不带病组织，均可减少土壤病源。
3.间苗时选用健壮苗，剔除病弱苗和畸形苗；出穗后割除病穗并带出田间烧毁，防止孢子扩散。这些措施对减少当年受害田间病菌积累有显著作用，坚持实行可逐年减轻危害。
4.使用地膜覆盖技术，播前灌溉，保证土壤水分适宜，均可显著减轻发病。选择抗病品种，合理轮作，适时播种，合理覆土，种子必须进行包衣处理。