选用优良抗病品种，种子和土壤处理，充分授粉。适期抢墒播种，防止出苗缓慢。施用腐熟的农家肥，防治肥料带菌。做好种子包衣，农药可选用2%戊唑醇可湿性粉剂，或15%三唑酮可湿性粉剂，剂量为种子重量0.4%-0.6%。在发病早期及时拔除病株，显症后在菌瘿破裂前，彻底病株并深埋或烧毁，防止越冬孢子散落增加来年的病原基数。有条件的采用田间轮作；加强管理，做到苗壮抗病强；选择适宜的农药灭杀病菌。开沟排水降低田间湿度，配方施肥，抽穗开花期喷2次多菌灵等杀菌剂。玉米丝黑穗病是一种以土壤传病，在苗期发病的病害。可以选用抗丝黑穗病的品种，使用药剂进行拌种，发病后及时拔除病株，并喷施萎锈灵可湿性粉剂或福美双可湿性粉剂等药剂进行防治。