发病初期，及时摘除病叶，并进行销毁，可用甲基硫菌灵可湿性粉剂或苯菌灵乳油等化学药剂进行防治。
主要以菌丝体在病残株上(病叶为主)越冬，分生孢子也可越冬，但存活率低。玉米小斑病的初侵染菌源主要是上年收获后遗落在田间或玉米秸秆堆中的病残株，其次是带病种子，从外地引种时，有可能引入致病力强的小种而造成损失。
玉米小斑病的防治，首先是选用抗病品种，其次确需防治可在发病初期，用70%托布津喷雾防治。
玉米小斑病在玉米整个生长期皆有可能发病，对叶片、叶鞘等部位均会形成危害，因此在发现病情时，及时摘除病叶，并进行销毁，并选用甲基硫菌灵可湿性粉剂或苯菌灵乳油等化学药剂进行防治。
加强栽培管理，促进健壮生长，提高植株抗病力；清洁田园，将病残体集中烧毁，减少发病来源；发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂800倍液，或农抗120水剂100～120倍液，喷雾，从心叶末期到抽雄期，每7天喷1次，连续喷2～3次。
在玉米大喇叭口期用甲基硫菌灵可湿性粉剂喷施防治。
首选抗病品种，发病后用多菌灵或甲基托布津或甲基硫菌灵喷雾防治。
玉米小斑病可用甲基托布津或代森锰锌进行喷防。