玉米瘤黑粉病的病原菌主要以冬孢子在土壤中或在病株残体上越冬，成为翌年的侵染菌源。混杂在未腐熟堆肥中的冬孢子和种子表面污染的冬孢子也可以越冬传病。冬孢子在土壤中、地表、病残体上、土杂粪肥中越冬，成为第二年发病的初侵染病原。在适宜条件下，冬孢子萌发产生担孢子和次生担孢子，随风雨、气流传播到玉米的叶片、节、腋节、雄雌穗等幼嫩分生组织，在组织内生长蔓延，并产生一种类似生长素的物质，刺激寄主局部组织的细胞旺盛分裂，逐渐肿大形成病瘤。
