小麦锈病主要危害叶片和叶鞘等部位。初期叶片会出现褪绿斑点,并形成夏孢子堆,可穿透叶片。后期病部会长出黑色狭长形冬孢子堆。小麦秆锈病则主要为害叶鞘和茎秆,在发病后会出现不规则形的褐色夏孢子堆,并相互融合成大斑,成熟后会破裂,使表皮外翻并散出大量锈褐色粉末。