玉米秸秆还田如果雨水及时应该没有危害，但地里干旱时，秸秆不腐烂会对麦子产生不良影响。不当的玉米秸秆还田会导致小麦种子播种在秸秆上，造成发芽困难，甚至秸秆发酵产生的热量会烧死小麦种或小麦苗，导致缺苗断垄，影响产量。此外，秸秆还田还会影响小麦的整地、播种和出苗质量，并加重病虫害的发生。只要深埋20公分，增施氮肥等处理好，就没有危害。秸秆中残留的虫卵和病菌在粉碎过程中无法消除，还田后会继续生存，危害下茬作物或越冬后次年再发生。秸秆分解需要微生物活动，而微生物活动会消耗土壤中的营养，特别是氮元素。如果底肥中氮元素使用不足，微生物会与小麦苗争夺营养，导致苗子长势不好。