番茄病毒病由多种病毒侵染引起，主要包括烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒、马铃薯X病毒和马铃薯Y病毒等。这些病毒多在病株残体、种子、烟草、多年生宿根植物及杂草上越冬，翌年通过蚜虫、摩擦和田间操作等传播。发病初期可喷施1.5%植病灵乳剂800倍液或20%病毒A可湿性粉剂500倍液；发病较重的棚室可喷施1000倍液医用高锰酸钾，隔5～7天再喷施一次。黄化曲叶病毒由烟粉虱传播，初期可用500目或更密的防虫网防烟粉虱，零星发生时交替用25%扑虱灵可湿性粉剂1000～1500倍液或25%噻虫嗪水分散粒剂2000～3000倍液喷雾防治，或在保护地内每亩用22%敌敌畏烟剂200克熏烟。
番茄病毒病的田间症状多样，包括花叶型、蕨叶型、条斑型、卷叶型、黄顶型和坏死型等。花叶型表现为叶片上出现黄绿相间或深汪相间斑驳，叶脉透明，叶片略有皱缩，病株较矮；蕨叶型表现为叶背叶脉呈紫色，叶片向上卷曲，变厚，变硬；卷叶型表现为叶脉间黄化，叶片边缘向上方弯卷，中叶呈球形，扭曲成螺旋状畸形。