甜瓜枯萎病发生重的地区或田块应选用云南黑籽南瓜或南砧1号作为砧木，并使用适合当地的优良甜瓜品种做接穗进行嫁接。嫁接苗对枯萎病的防效可达90%以上。具体方法为采用靠接或插接法，嫁接后置于塑料棚中保温、保湿，白天控温28℃，夜间15℃，相对湿度保持在90%左右，经过半个月成活后转为正常管理。使用靠接法的，成活后需要切断甜瓜根。定植时，确保埋土深度在接口之下，以保证防效。
