韭菜的病害有枯萎病、锈病和因发生此病所引起的烂根。病害往往是因田块排水不良，地里湿度过大所引起，做到田块排灌方便，注意水分管理即可防止。虫害主要是地下害虫，如韭蛆、蝼蛄等。经常中耕，可以减少虫害，定期喷农药杀虫剂乐果及敌敌畏，即可防治。常见的病虫害有韭蛆、灰霉病、蓟马、疫病、线虫等，以及生理性黄叶干尖，其中韭蛆、线虫等地下害虫较难防治。
