纹枯病危害水稻的叶鞘、叶片，严重时可侵入茎杆并蔓延至穗部。该病俗称“花脚病”，叶鞘和叶片的病斑呈椭圆形或连合为云纹状大斑。在潮湿环境下，病斑呈现墨绿色、湿润状；干燥时则边缘深褐色，中部草黄色至灰白色，最终导致叶鞘及叶片枯死。密植矮秆杂交稻的高产田块尤其普遍且严重，叶片枯死会降低水稻结实率，减少千粒重，一般损失在10～20%，严重时可达50%以上。
