芹菜黑腐病病菌主要通过风雨、农事操作和灌溉用水传播。病菌以菌丝形式附着在病残体或种子上越冬。翌年，播种带病的种子会导致幼苗猝倒枯死，病部产生分生孢子，这些孢子通过风雨或灌溉水传播。黑腐病还可以通过水、空气、土壤以及病叶病株传播。幼嫩菌丝初无色，成熟后变为黑色，在马铃薯琼脂培养基上能形成小菌核。分生孢子器球形或半球形，黑色，初期埋生后外露，多在不明显的斑点中形成；分生孢子器上具孔口，产孢细胞多单细胞，产孢方式为瓶梗式，区别于叶点霉菌。分生孢子单胞无色，长椭圆形，大小3.0～3.8×1.0～1.6微米。病菌生长发育和分生孢子萌发的温度范围为5～30℃，最适温度为16～18℃。