小麦拔节至孕穗期的病叶普遍率达2%-4%时，可以喷洒20%三唑酮乳油、12.5%特谱唑可湿性粉剂1000-2000倍液或25%敌力脱乳油2000倍液。12.5%特谱唑可湿性粉剂20-35g兑水50-80L喷施，能同时防治小麦条锈病、叶枯病和纹枯病。加强病情监测，落实“发现一点，防治一片”的防治策略，及时控制发病中心。当田间平均病叶率达到0.5%－1%时，组织开展大面积应急防控，确保同类区域防治全覆盖。防治药剂可选用烯唑醇、戊唑醇、丙环唑、醚菌酯、吡唑醚菌酯、烯肟·戊唑醇等。
适期播种，适当晚播，不要过早，可减轻秋苗期条锈病发生。清除自生麦，提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥，增施磷钾肥，搞好氮磷钾合理搭配，增强小麦抗病力。速效氮不宜过多、过迟，防止小麦贪青晚熟，加重受害。合理灌溉，土壤湿度大或雨后注意开沟排水，后期发病重的需适当灌水，减少产量损失。
防治小麦条锈病的基本措施是因地制宜地种植抗病品种。小麦收获后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗，减少越夏菌源，能减轻小麦的发病程度。加强田间管理和病虫害防治，药物可选用戊唑醇、丙环唑等。