以防治幼果疮痂病为重点，于花谢2/3时喷药，发病条件特别有利时可在半个月后再喷一次。春芽期（芽长2毫米）最好根据预报来决定是否用药。有效的药剂品种有波尔多液（硫酸铜0.5～1千克，石灰0.5～1千克，水100千克）、55%硫菌霉威可湿性粉剂1000～1200倍液、50%多霉清可湿性粉剂800～1000倍液、77%可杀得2000型800倍液、80%必备可湿性粉剂400～600倍液、80%山德生（大生M-45）可湿性粉剂600倍液、30%二元酸铜可湿性粉剂400～500倍液、20%龙克菌（杀菌铜）胶悬剂500倍液、12%绿菌灵乳油500倍液。80%代森锰锌+青皮桔油(每包一喷雾器，农药导航也能保叶)。
农业措施:①加强栽培管理，结合春季发芽前的修剪，剪去病梢和病叶，并清除园内落叶，一并烧毁，保持树冠通风透光，合理施肥;②新建果园应选用无病苗木;③冬季和旱春结合修剪，剪除病枝、病叶，春梢发病后也及时剪除新病梢，消火越冬病原;④加强肥水管理，促使新梢抽生整齐健壮，增强抗病力和缩短受害时期;⑤活期避雨，有条件的柑橘园从开始谢花起避雨3-4周，即可有效控制发病;⑥加强苗木检疫。柑橘新区的疮痂病由苗木传带，所以对外来苗木实行严格检疫。
农业防治为主，药剂防治在榭花初期至幼果期用“甲基托布津”和“代森锰锌”交替喷雾。