病症主要影响穗部，病株较矮，分蘖较多，病穗稍短且直，颜色较深，初为灰绿，后为灰黄。颖壳麦芒外张，露出部分病粒（菌瘿）。病粒较健粒短粗，初为暗绿，后变灰黑，包外一层灰包膜，内部充满黑色粉末（病菌厚垣孢子），破裂散出含有三甲胺鱼腥味的气体，故称腥黑穗病。小麦黑穗病主要危害籽粒，小麦出穗灌浆期，病原孢子在穗内大量繁殖，灌浆后期，病穗呈青绿色，捏开尽是黑棕色病原孢子。小麦黑穗病分丝黑穗病和腥黑穗病两种，丝黑穗病首先在小麦叶片和叶鞘上出现丝状有黑色粉末的条斑，小麦抽不出穗或出穗后小穗成黑色粉末状。小麦腥黑穗病只为害麦穗，有鱼腥味。主要为害穗部，小穗畸形，偶尔也为害在茎和叶片。病株比健康植株稍矮，抽穗略早，带菌植株抽穗前不表现症状。所有小穗的子房、种皮及颖片均成为黑色粉末，被侵害的子房和颖片发育成冬孢子堆。病穗外面包有一层灰色薄膜，在抽穗前内部就已完全变成黑粉，所以俗称黑疸、乌麦、灰包。在病穗抽穗时，薄膜破裂，孢子随风飞散，病穗只残留穗轴，在穗轴的节部还可以见到残余的黑粉。