主要为害瓜根和茎基部，很少为害茎蔓。定植后即可开始发病，初呈水渍状，后呈浅褐至深褐色腐烂，病部不缢缩，其维管束变褐色，但不向上扩展，可与枯萎病相区别，后期病部往往变糟，组织破碎，仅留下丝状维管束。受害茎蔓初期蔓尖微卷上翘，生长缓慢，以后全株叶片中午萎蔫，早晚恢复，逐渐枯死。西瓜茎基腐病是西瓜苗在嫁接时消毒杀菌不达标造成的，导致茎部出现腐烂。
