油菜菌核病的防治时机包括初花期和盛花期各喷一次药剂，以及苔期和盛花期的两次防病。最佳理论防治期在落花期，而实际操作中则在抽苔期到初花期进行。使用多菌灵加硼肥兑水喷施可以有效防治。同时，任何作物都有其发病的中心点，最佳防治时间是在发病初期进行喷药。大规模防治时，可采用无人机飞防措施。
