选用早熟、高产、抗病品种，是防治油菜菌核病的一条根本措施。实行稻油轮作或旱地油菜与禾本科作物进行两年以上轮作，避免连作苗床、大田不重茬。施用充分腐熟的有机肥，合理密植，清沟排渍，清除杂草，花期摘除下部病老死叶，提高通风透光性。
播种前种子用10%盐水选种，肥料使用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥。在盛花期用38%恶霜菌酯水剂800倍液、30%甲霜恶霉灵2000倍液等进行防治，开花后期及时摘除老黄病叶。可采用40%菌核净可湿性粉剂（亩用量100-150克）或25%咪鲜胺（亩用量100克）兑水喷施，重点喷洒在植株中下部茎秆和上部枝叶上。采用机动喷雾机喷药，可使植株表面获得足量的药液，效果更好。机动喷雾器亩用药液量12-15公斤，手动喷雾器不少于30公斤/亩。
选育抗病品种，合理轮作，平衡施肥，注意病虫害保暖。清沟沥水，清除病枝残叶，加强田间管理，改善群体结构。