枯萎病主要危害根茎部，在成株期较易发病，会导致叶片萎垂，属于土传性病害。防治措施包括：
1.移栽前或收获后清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥。深翻地灭茬、晒土，促使病残体分解。
2.实施轮作，若种植黄瓜，需用黑籽南瓜进行嫁接。
3.选用无病、包衣的种子，播种后用药土覆盖，移栽前喷施除虫灭菌剂。
4.土壤病菌多或地下害虫严重的田块，在播种前撒施或沟施灭菌杀虫的药土。
5.施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，避免使用带菌肥料，确保有机肥不含本科作物病残体。
6.及时防治害虫，减少伤口，降低发病率。
7.发病时清除病叶和病株，并进行给药或生石灰撒穴治疗。
8.药剂防治：初见病株时，用50%多苗灵可湿性粉剂或50%苯来特可湿性粉剂500~1000倍液灌注植株根部周围土壤，每株灌药液300毫升，每隔10天左右灌一次。
9.增施有机肥，土壤添加有机质对防治土壤病害有明显效果，常年使用鸡粪对多种枯萎病也有效。
10. 选择抗病品种，加强肥水管理，及时防治病虫害。