在种薯繁育过程中通过无性筛选和使用脱毒种薯可以防治X病毒、S病毒和M病毒病害的发生。当有明显的症状出现时，淘汰病株是很有用的。应用适合当地的抗病和耐病品种，尤其后者，借此耐病性可生产出高质量的块茎。选用无毒种薯。采用夏播留种、两季作、高山留种、茎尖组织培养等方法，使马铃薯避开高温条件结薯，减少或避免种薯带毒。减缓下季生产田的毒源。采用栽培措施减轻病害。适时播种，高垄栽培，合理灌溉，增施肥料，增强植株的抗病性，缓解病情。适时防治传毒害虫（如蝗虫等），降低传病；早期清除田间的菟丝子等，防止病害扩展。1、选择优良品种。选种时要选择抗病性强、抗旱、耐水肥的种薯，降低感染花叶病毒的风险。同时要选择大的育种公司种薯，既能保证质量，同时万一种子出现问题，方便解决。2、适时提早播种。主要是在马铃薯结薯期避开高温时间段，降低染病概率。3、及时防治蚜虫。蚜虫对马铃薯花叶病毒的传播十分不利，要在蚜虫发生时及早进行药物防治，可选用蚜虱净、灭蚜松等药物兑水喷雾防治。