小麦黑穗病主要包括腥黑穗病和散黑穗病两种类型。病株通常较矮，分蘖较多，病穗稍短且直，颜色从灰绿逐渐变为灰黄。颖壳向外张开，露出部分病粒（菌瘿）。病粒比健粒短，初为暗绿，后为灰黑色，外包一层灰白色薄膜，包膜破裂可散出带有鱼腥味的黑粉（厚垣孢子）。在散黑穗病中，病穗的子粒几乎全部变为菌瘿，其灰白色膜极易破裂，散出里面的黑粉，整株仅剩光秆穗轴或仅穗上部残留少量子粒。偶尔，散黑穗病菌也会侵害叶片和茎秆，形成条状黑色孢子堆。当小麦同时受腥黑穗病菌和散黑穗病菌侵染时，病穗上部表现为腥黑穗，下部为散黑穗。
