大葱灰霉病由病菌在田间残留体或土壤中越冬或越夏成为侵染源，通过气流、雨水、灌溉水和昆虫等途径传播蔓延。病菌以菌丝、分生孢子或菌核形式在病残体或土壤中存活，成为下一季的主要菌源。在适宜温湿度条件下，菌丝体产生分生孢子，通过风雨传播，接触植物后通过伤口或直接穿透表皮侵入。菌核萌发产生菌丝体或孢子后侵入植物。菌核和病株残屑也可混杂在种子间，随种子调运传播。生长期中病株产生的分生孢子通过气流、灌溉水和农事操作引起重复侵染。
