水稻稻潜叶蝇是一种对秧苗造成严重危害的害虫。在移栽前，如果秧苗受害较重，应先对秧苗进行一次药剂防治。常用的防治药剂包括40%乐果乳油、50%4049乳油、50%磷胺乳油、50%稻丰散乳油、50%二溴磷乳油、50%久效磷乳油、50%杀螟威乳油和3%呋哺丹等，每亩用量为50-75毫升或1公斤。
为了有效防治水稻潜叶蝇的危害，首先应加强田间管理，采取浅水灌溉措施，避免深水导致秧苗飘浮或淹没，保持叶片直立，这样可以减少潜叶蝇的落卵量，从而减轻其危害。其次，应合理选择药剂配方和使用方法进行科学防治。在药剂选择上，应结合使用内吸性、传导性、触杀型和熏蒸型药剂，以有效防治潜叶蝇的危害。
在幼虫初发期，可以使用陶斯仙200毫升，每亩1-2瓶，通过喷雾或无人机极飞施用。或者使用陶斯仙200毫升1瓶加350克1瓶扬农功夫，同样通过喷雾或无人机极飞施用，这样可以有效预防潜叶蝇、负泥虫、二化螟、稻纵卷叶螟、稻飞虱等多种害虫。