生态防治。棚室上午以闷棚提温为主，下午及时放风排湿，发病后可适当提高夜温以减少结露，早春日均温控制在29℃或31℃高温，相对湿度低于65%可减少发病，防止浇水过量，土壤湿度大时，适当延长浇水间隔期。
早春日均温控制在29℃或31℃高温，相对湿度低于65%可减少发病，防止浇水过量，土壤湿度大时，适当延长浇水间隔期。(2)物理防治。播前用10%盐水漂种2～3次，汰除菌核，或塑料棚采用紫外线塑料膜，可抑制子囊盘及子囊孢子形成。也可采用高畦覆盖地膜抑制子囊盘出土释放子囊孢子减少菌源。(3)农业防治。有条件的实行与水生作物轮作或夏季把病田灌水浸泡半个月，或收获后及时深翻，深度要求达到20厘米，将菌核埋入深层，抑制子囊盘出土。同时采用配方施肥技术，增强寄生抗病力。
棚室上午以闷棚提温为主，下午及时放风排湿，发病后可适当提高夜温以减少结露。
用50%乙烯菌核利可湿性粉剂600~800倍液＋70%代森锰锌可湿性粉剂600~800倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂800~1500倍液＋36%三氯异氰尿酸可湿性粉剂800倍液，或40%菌核净可湿性粉剂600~800倍液。
选择抗病优良品种，不要重茬连作，科学栽培，严格管理。
苦瓜菌核病防治方法:发病初期，可采用下列配方进行防治：50%乙烯菌核利可湿性粉剂600~800倍液＋70%代森锰锌可湿性粉剂600~800倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂800~1500倍液＋36%三氯异氰尿酸可湿性粉剂800倍液，或40%菌核净可湿性粉剂600~800倍液。
选择抗病优良品种不要重茬连作。
物理防治、农业防治及生态防治。
（以上为本站整理农技人员经验所得，仅供参考）