可以使用苯醚甲环唑悬浮种衣剂拌种，在发病时使用烯唑醇可湿性粉剂或三唑酮乳油进行喷雾防治。小麦秆锈病应在发病后选用速保利可湿性粉剂或粉锈宁乳油、粉锈宁可湿性粉剂喷雾，施用时控制好药量，避免药害。用己唑醇、戊唑醇、吡唑醚菌酯、多菌灵防治。预防小麦锈病要选用抗病品种，防止地块积水潮湿，进行杀菌剂防治。每亩用15%三唑酮粉剂80-100克，或亩用25%烯唑醇粉剂30-40克，或12.5%悬浮剂40毫升喷雾防治，防效可达90%以上。
