脐腐病在西红柿幼果期开始发病，初期果实顶部呈水浸状暗绿色或深灰色，很快变为暗褐色，果肉失水，顶部扁平或凹陷，有的病斑中心有同心轮纹，果皮和果肉柔软，不腐烂。在空气湿度大时病果常被某些真菌寄生而腐烂。
此病是由水分供应失调、缺钙、缺硼等原因导致的生理性病害。一般在第一果穗座果之后，植株处于生育旺盛阶段，遇干旱，特别是大棚栽培的，为预防灰霉病或菌核病的发生，采取降湿栽培措施，当叶片蒸腾需消耗大量水分，导致果实，特别是脐部的水分被叶片夺走时，造成果实内部水分失调，果实的生长发育受阻，形成脐腐。
引起发病因素较多。一般说脐腐病的初始发病期是在升花后的12~15天，这一时期果实体积增长相对较快，对钙的需求量相对较大，容易引起局部缺钙，导致脐腐病的发生。生育期间水分供应不均或不稳定易形成脐腐。尤其干旱时，水分供应失常，易形成脐腐。干旱条件下喷洒波尔多液发病重。施用未腐熟的有机肥或施肥过多引起烧根造成发病。沙质土壤或黏重土壤易发病。
夏季高温季节果菜类蔬菜容易发生脐腐病，其中以番茄最甚。番茄脐腐病是在生长阶段，由于肥水跟不上土壤缺钙造成的。绿色植物在一段时间内水份充裕，生长发育充沛。如土壤水份忽然产生变化，出現少水时，使青果肚脐很多缺水而造成机构萎缩。绿色植物在生长发育过程中缺钙，引起肚脐体细胞生理学混乱，导致脐腐病产生。