玉米矮花叶病在玉米的整个生育期都可能发生，初期会在幼嫩叶片上出现症状，有不规则、浅绿或暗绿色的条点或斑块出现，随着病情的加重，整个叶片会呈斑驳花叶状，慢慢顺着叶脉会有狭窄条纹出现，一般在新叶上表现明显，由于叶绿素减少，整个叶色会变得发黄，叶片组织会变硬，非常脆，一折即断。也有的叶片会从叶尖、叶边缘开始，有紫红色条纹出现，最后干枯而死掉。发病植株有不同程度的矮化症状，早期感病矮化会比较重，后期则相对较轻甚至不矮化，但早期染病会导致玉米幼苗发生根茎腐烂而出现死苗情况。多数情况下，发病的植株雄穗都不发达，分枝较少，果穗变小，籽粒少而秕瘦，有秃尖现象，甚至有的根本就不结实。