该病为真菌性病害，病原菌为核盘孢。病原菌以菌核在土中或混在种子中越冬或越夏，是该病的初侵染源。菌核遇有适宜条件萌发，借风雨随种苗或病残体传播。病原菌首先侵人衰老叶和尚未脱落的花瓣，发病组织腐烂，再侵染白病健部接触传染。温度高于15℃，相对湿度大于85％，利于发病。因此早春或晚秋保护地上的植株容易发生和流行。
番茄菌核病叶片受害多从叶缘开始，病部初呈水渍状，淡绿色。叶片上的病斑在湿度大时长出少量白霉，后病斑颜色转为黑褐色，蔓延速度快，致全叶腐烂枯死。果实及果柄染病，始于果柄，并向果面蔓延，致未成熟果实似开水烫过。受害果实上可产生白霉，后在霉层上可产生黑色菌核。茎染病多由叶片蔓延所致，病斑灰褐色稍凹陷，边缘水渍状。病茎上的病斑部位表面往往生有白霉，霉层积聚后，在茎表面生有黑色菌核。病茎后期表皮纵裂，严重时植株枯死。