小麦赤霉病通常在乳熟期于小穗颖片基部出现水渍状淡褐色斑点，病情扩展可达整个小穗或多个小穗。病小穗或病穗呈枯黄色，潮湿天气在颖片合缝处或小穗基部长出粉红色粘胶状霉层，即病菌的分生孢子座和分生孢子。若穗轴或穗颈受侵染可造成白穗。在病害发生后期，若遇潮湿天气，长粉红色霉层的地方会长出黑色小颗粒，即病菌子囊壳。种子萌发至幼苗期若病菌侵染幼芽鞘、根鞘或根，可引起褐色腐烂，使种子不出苗或出土后死亡，即苗枯，病部也可长出粉红色霉层。茎基部受害后变褐色，后期变软腐烂，造成整株死亡，即茎基腐。拔起病株时，易在茎基腐烂处撕断，不能连根拔起。有些地方又称为“红穗病”，典型的症状就是麦穗覆盖一层红粉。