甜瓜白绢病通常在6-7月开始发病，主要危害茎蔓基部和贴近地面的果实。发病初期，病部呈现褐色水渍状小斑，随后迅速扩展至绕茎一周，并变为茶褐色腐烂，皮层易脱落，导致病部以上蔓叶萎蔫枯死。湿度较大时，病部表面会长出白色放射状菌丝，边缘尤为明显，后期产生油菜籽状的褐色小菌核。发病初期，植株在中午时会出现萎蔫现象，叶子变黄，并在几天内导致整个茎基部坏死，植株完全萎蔫死亡。病部还会产生白色棉絮状物，呈扇形覆盖在茎的表面，其中长有芥菜籽大小的浅棕色至黑褐色菌核。此外，该病菌也会侵害与土壤接触的果实，引起果实腐烂，表面长有大量霉状物和菌核。