小麦杆黑粉病是一种常见的病害，主要影响小麦的茎、叶鞘和叶片。当小麦长到一尺或一尺多高时，症状开始显现。病株的茎、叶鞘和叶片上会出现与叶脉平行的条纹孢子堆，这些孢子堆最初呈白色，随后逐渐变为灰白色至黑色。随着病组织的老熟，孢子堆会纵裂，散出黑色粉末，即冬孢子。
受感染的植株通常会出现矮化、畸形或卷曲的现象，多数病株无法正常抽穗，穗部卷曲于叶鞘内，或抽出畸形穗，花而不实，或仅有秕粒。在播种密度较稀的情况下，病株的分蘖会显著增多，有时无效分蘖可达100多个。
小麦杆黑粉病的侵染过程始于幼苗期，病菌首先侵入芽鞘，随后进入茎杆、叶鞘和叶片，最终导致植株的严重损害。