花椒根腐病是苗圃和成年椒园中常见的土传病害，由腐皮镰孢菌引起。受害植株根部变色腐烂，有臭味，根皮与木质树干部位脱离，树干木质部位呈黑色。地上部分叶形小且色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。
花椒锈病是花椒叶部的重要病害，广泛分布在重庆、陕西、四川、河北、甘肃等省的花椒栽培区。严重时，花椒提早落叶，直接影响次年的挂果。发病初期，在叶子正面出现2-3mm水渍状褪绿斑，并在与病斑相对的叶背面出现黄橘色的疱状物，为夏孢子堆。
