苦瓜根腐病的病原以菌丝体、厚垣孢子或菌核在土壤中及病残体上越冬，可在土中存活5～6年，成为主要侵染源。病原从根部伤口侵入，在病部繁殖后借雨水或灌溉水传播蔓延，进行再侵染。高温、高湿条件利于发病，连作地、低洼地、黏土地或下水头地块发病较重。苦瓜根腐病是土传病害，人为因素和高温、高湿环境是其发病的主要原因。
