微生物菌发酵的肥料富含有益菌，有助于提升肥效和改善土壤理化性状。这类肥料以微生物的生命活动为核心，旨在为农作物提供特定的肥料效果。与微肥不同，微生物肥料是活的生命体，而微肥则是矿质元素。微生物资源丰富，种类和功能多样，可开发成多种功能和用途的肥料。通过人工选育和不断纯化、复壮，微生物菌株的活力得以提高。特别是随着生物技术的进步，利用基因工程方法获取所需菌株已成为可能。
