玉米青枯病的病原菌尚有争论，各地分离的病菌不同，有三种看法：1.由真菌镰刀菌引起的；2.由真菌腐霉菌引起的；3.是由腐霉菌和镰刀菌复合侵染形成的。这三种情况是都存在的，由于各地生态环境不同，所以得出的结果不一。镰刀菌和腐霉菌二者都能侵染致病，引起玉米青枯病，只是环境不同，主次不一而已。
玉米茎腐病多发生在气候潮湿的条件下，如在北京地区，凡是7、8月间降雨多，雨量大，玉米青枯病发生就严重，因为此时降雨造成了病原菌孢子萌发及侵入的条件，使9月上旬玉米抗性弱的乳熟阶段植株大量发病。玉米幼苗及生长前期很少发生茎枯病，这是由于植株在这一生长阶段对病菌有较强抗性，但到灌浆、乳熟期植株抗性下降，遇到较好的发病条件，就大量发病。连作的玉米地发病重，这是由于在连作的条件下，土壤中积累了大量病原菌，易使植株受侵染。