芝麻立枯病初发病时，芝麻茎基部或地下部一侧出现黄色至黄褐色条斑，逐渐凹陷腐烂，最终绕茎部扩展，导致茎部缢缩成线状，幼苗折倒。轻病苗有时能恢复生长。病部皮层变褐缢缩，遇干旱或土壤缺水时，下部叶片萎蔫，严重时枯死。通常从幼苗茎基开始发病，出现暗褐色病斑，逐渐凹陷腐烂，严重时扩展到茎四周，最后病部缢缩呈线状，易折倒或整株萎蔫而死苗。病菌侵染根系，引起根系腐烂。
