茎腐病为系统病害，后期药剂防治基本没有效果。生长后期降雨多易发病。选用抗病品种为主，避免湿洼地种植，合理密植，增加通风透光。清除田间菌源，清除发病株。轮作，防止土壤病原菌积累。合理施肥，增施钾肥或与磷氮肥配合使用。保持田间通风透光和良好的土壤透气性。加强栽培管理，开好排水沟，雨季及时排水。
