玉米小斑病主要由休眠菌丝体和分生孢子在病残体上越冬，成为翌年发病的初侵染源。分生孢子通过风雨、气流传播，侵染玉米，并在病株上产生分生孢子进行再侵染。发病的适宜温度为26—29℃，产生孢子的最适温度为23—25℃。孢子在24℃下，1小时即能萌发。遇充足水分或高温条件，病情迅速扩展。玉米孕穗、抽穗期降水多、湿度高，容易造成小斑病的流行。低洼地、过于密植荫蔽地以及连作田发病较重。目前尚未发现对玉米小斑病免疫的品种，但品种间抗性差异很显著。大面积种植感病品种或杂交种是导致小斑病流行的一个重要因素。
