葫芦果斑病的病原为亚膜茎点霉，属半知菌亚门真菌。称亚膜茎点霉，分生孢子器聚生，突破表皮，球形或扁球形，器壁膜质暗褐色，大小144～220微米，器孢子圆柱状，个别矩圆形，单胞，无色透明，正直或稍弯，有2个油球，大小6～8×2～2.5微米。
